Sus miembros eran designados por el Gobierno, siendo su primer presidente el padre Rubén Vargas Ugarte, SJ.
La Junta sentó un hito en la lucha contra la destrucción del patrimonio histórico inmueble, al impedir que se vieran afectados monumentos como la Iglesia de la Merced y la casa Negreiros.
Estos estudios fueron los primeros registros científicos de los monumentos que sirvieron posteriormente para su declaratoria y protección legal por el Instituto Nacional de Cultura (INC), creado en 1971 por la Ley Orgánica del Sector Educación (Decreto Ley N.º 18 799) del gobierno militar del general Juan Velasco Alvarado.
El INC fue un organismo público descentralizado del Sector Educación, que durante 39 años se encargó de velar por todo en cuanto a cultura se refiere en el Perú, hasta la creación del Ministerio de Cultura.
La misma norma también declara individualmente como monumentos a los edificios de valor patrimonial dentro del área comprendida en ambos perímetros.