El club pasó tres años en B PFG, antes de ser descendido en 1985 a V AFG, la tercera división.

Después de ocho años en las divisiones más bajas del fútbol búlgaro, en 1993 regresó a B PFG.

En su primera temporada en segunda división, el Pirin terminó en octavo lugar en la liga.

En la siguiente temporada 1994-95 fue muy pobre para el club, que terminó con el equipo en penúltimo lugar y descendió, de nuevo, a V AFG.

[5]​ En la temporada 2011-12, el Pirin ganó la liga de la zona oeste con 62 puntos, anotando 41 goles y perdiendo sólo tres partidos, por lo que el Pirin ascendió a la primera división de fútbol búlgaro por primera vez en su historia.