[6] Para evitar transesterificación o hidrólisis, se añade con frecuencia un agente tampón (Buffer).
Las cetonas endocíclicas, aun las tensionadas (Por ejemplo, ciclobutanonas, norbornanonas) reaccionan con el peróxido de hidrógeno u otros hidroperóxidos para formar lactonas.
Se han investigado técnicas experimentales para utilizar esta enzima de modo que se siga conservando la enantioselectividad y el rendimiento en estas reacciones con menor producción de desechos tóxicos (Véase química verde).
Oxidaciones in vivo con células microbianas metabólicamente activas presentan complicaciones por su cuenta.
La solubilidad del reactivo orgánico y el producto es baja en la fase acuosa evitando así la inhibición.