Nació en Herford, en la provincia prusiana de Westfalia y empezó su carrera militar en la Kaiserliche Marine en 1901.

Después de hundir el HMS Hawke y algunos barcos mercantes, Weddigen recibió la orden militar más elevada de Prusia, le Pour le Mérite.

El U-29 salió a la superficie inmediatamente delante del Dreadnought después de disparar un torpedo al HMS Neptune por lo que el Dreadnought cortó al submarino en dos después de una corta persecución.

Aunque la unidad de la Wehrmacht que utilizaba las instalaciones no era naval —la Panzer Abwehr Abteilung 6, una unidad del ejército antitanque— los ocupantes del cuartel no obstante significaron la conexión naval con Weddigen colocando dos grandes anclas en la base de una gran Reichsadler Nacional Socialista en la entrada del cuartel.

El cuartel tenía previsto cerrar con la eventual retirada de todas las Fuerzas Británicas en Alemania en 2020.