Desde un principio realizó trabajos en el sistema carcelario del Tercer Reich siendo destacado en el Campo de concentración de Sachsenhausen en Alemania.

Enviado a trabajar al campo de concentración de Auschwitz en Polonia en mayo de 1941 donde estuvo hasta la evacuación en enero de 1945.

También fue Jefe de campo, en el subcampo de Wesola cerca de Myslowice y del subcampo de Gleiwitz en Gliwice, todos pertenecientes a Auschwitz.

Estuvo considerado uno de los nazis más crueles del régimen junto a Franz Hoessler, Hans Aumeier, Eric Muhsfeldt y otros.

Según la obra del historiador Jeremy Dixon, al SS Otto Moll, se le atribuyen varios crímenes entre los cuales se encontraban: Capturado por los estadounidenses al final de la guerra y presentado ante un Tribunal Militar en los llamados Juicios de Dachau, fue condenado a muerte el 13 de diciembre de 1945 y ejecutado en la horca el 28 de mayo de 1946 en la prisión militar de Lansberg.