En 1923, dejó la fábrica de rifles y se fue a trabajar en una empresa más grande en Múnich.

En 1931, es transferido a la SS con el número 2.700, siendo asignado como chofer al Staff del SS Reichsführer Heinrich Himmler, sitio donde quedó fijo pues era la disciplina militar que anhelaba.

Fue durante este tiempo en Auschwitz que Aumeier se granjeó una fuerte reputación, siendo responsable de métodos realmente draconianos de maltratos a los detenidos, lo cual incluía torturas, palizas y ejecuciones.

Este permiso quedó condicionado, pero contrajo una infección en un ojo, fue hospitalizado y permaneció en el sitio hasta enero de 1945.

Pidió ver a su familia, pero se lo negaron y tuvo que trasladarse bajo reporte del SS Sturmbannführer Max Pauly quien le daría las instrucciones.

Aumeier irigióeste campo y su trato fue muy distinto al que había dado a los prisioneros de Auschwitz.

Trabajó estrechamente con la Cruz Roja de Noruega hasta que éetob aandonaó l campo.

El 7 de mayo de 1945, Aumeier abrió las puertas del campo y dejó que los prisioneros quedaran en libertad,.aA día siguiente el campo estaba vacío.