En 1967 el gobierno uruguayo ordena la disolución de la FAU, que pasa a la clandestinidad hasta 1971.
Cae la dictadura y a partir de 1986 la organización encara inmediatamente su reorganización.
Desde entonces su intervención social abarca varios sectores: sindicalmente, en las escuelas en los consejos de padres; en las asociaciones barriales.
Han intentado poner en marcha radios comunitarias, ateneos y bibliotecas.
Su modelo de organización es llamado «especifismo» y propugna que los anarquistas deben organizarse específicamente, como anarcocomunistas, para entonces hacer lo que llaman «inserción social» y trabajar con los movimientos sociales (aquellos alineados con las causas de izquierda).