Está basado en un producto previo de Nullsoft, PiMP (plugin Mini Packager), y además es conocido como SuperPiMP.

Después de la versión 2.0a0, el proyecto fue pasado a SourceForge, donde desarrolladores fuera de Nullsoft empezaron a trabajar en él en una forma básica.

NSIS 2.0 fue liberado aproximadamente dos años más tarde.

La versión 2 de NSIS tiene una nueva interfaz GUI y soporta la compresión LZMA, múltiples lenguajes y un sistema sencillo de plugins.

La versión 3 de NSIS incluye compatibilidad con Unicode opcional, sigue funcionando en las mismas versiones de Windows y además es compatible con Windows 10.