Comenzó su carrera en los equipos inferiores del Wydad Casablanca, donde pese a su juventud, causó sensación.
Ese mismo año participó con su selección en los Juegos Olímpicos de Barcelona 1992.
Fue fichado por el FC Nantes, donde realizó una buena temporada y fue elegido como uno de los jugadores más importantes del campeonato francés.
El Deportivo de La Coruña se hace con sus servicios por una cantidad jamás pagada por un futbolista marroquí.
Es con este club, donde Naybet alcanza sus mayores éxitos: gana el campeonato de liga española en el 2000; en 2002, gana la Copa del Rey y la Supercopa de España.