Este animal es conocido por fósiles muy incompletos, incluyendo parte de la dentición superior e inferior, por lo que no es posible reconstruir su apariencia en detalle.

A partir de la comparación con animales más conocidos, como Rhynchippus, es posible suponer que Notohippus era un animal con un cuerpo relativamente robusto, con un hocico corto y patas de tres dedos.

El canino inferior tenía forma de incisivo, y los molares inferiores tenían un ángulo posterolabial del talónido más redondeado y una entrada del trígono más estrecha.

[1]​ Notohippus toxodontoides fue descrito por primera vez por Florentino Ameghino en 1891, sobre la base de restos fósiles encontrados en suelos del Mioceno inferior en la Patagonia.

Se han encontrado otros fósiles en otras zonas de Argentina y Chile.