Thomas culminó esta carrera electoral infructuosa nada menos que como candidato socialista a la Presidencia de los Estados Unidos, posición a la que llegó puede decirse que de rebote, muerto Eugene V. Debs, excluidos los dos líderes principales del partido (Victor L. Berger y el ya citado Hillquit) por no haber nacido en Estados Unidos y ocupado un tercero como alcalde de Milwakee[8]​.

Además, su atildado aspecto y su moderación le atrajeron las críticas de revolucionarios profesionales como el propio Trotski[9]​.

A pesar de su pacifismo y de su activa oposición inicial a la Segunda Guerra Mundial[10]​, tras el ataque a Pearl Harbor, Thomas apoyó con reticencias la entrada en guerra de EE,UU., aunque pensaba que podía haber sido evitada honorablemente; posición probélica que no era compartida por buena parte del partido, incluido su hermano[11]​.

También hizo campañas contra la segregación racial y a favor del control de natalidad[14]​ .

Hoy, un instituto en Manhattan y una biblioteca en la Universidad de Princeton están denominadas en su honor.