La serie relata la historia de un ninja, Kanzo Hattori, que llega de Iga, a la ciudad donde vive Kenichi, un niño que no confiaba en sí mismo, Hattori elige a Kenichi para ser su amo.
Ellos comenzaron a trabajar como un equipo en 1951, y usaron el nombre de Fujiko Fujio desde 1954 hasta su separación en 1987.
De tal forma que hoy en día Ninja Hattori se encuentra firmado por Motoo Abiko (Fujiko Fujio Ⓐ).
Una adaptación a drama televisivo de acción real se emitió entre 1966 y 1968.
En 1986 se lanzó un videojuego, desarrollado y publicado por Hudson Soft exclusivamente en Japón para Nintendo Entertainment System.