Su principal uso industrial es como colorante para lacas y barnices en tintas para marcadores.
[1] En biología, la nigrosina se usa para la tintura negativa de bacterias,[1] así como del hongo encapsulado Cryptococcus neoformans.
[2] Las formas y los tamaños de los organismos son mostradas como contornos sin color contra un campo oscuro.
Una ventaja de usar este método, por contraposición a la tintura positiva (más común), es que no se necesita la fijación previa a través de alcohol o calor, así que los organismos pueden ser apreciados en formas más similares a las vivas.
Además, la tintura negativa con nigrosina puede revelar algunos microorganismos que no pueden ser teñidos por métodos regulares.