Nació en el distrito de Paco, Manila, donde se crio.

Abordaba la historia de la Edad de oro del castellano en Filipinas o relatos breves sobre la cultura católica del país.

Sus obras más famosas son la novela The Woman Who Had Two Navels (La mujer que tuvo dos ombligos, 1961), la pieza de teatro A Portrait of The Artist as A Filiipino (Retrato del artista como artista filipino 1966) y la colección de cuentos Tropical Gothic (Gótico tropical 1972).

Está considerado como el más relevante de los literatos filipinos en lengua inglesa, si bien su lengua materna era el español, lo que hace a la tríada de Rizal, Recto y Joaquin los tres grandes literatos hispanohablantes de Filipinas.

Joaquín vivió en diversos momentos de su vida en Hong Kong, Madrid, Nueva York y México.