Su juventud y la rotación que el equipo necesitaba para disputar torneos internacionales y locales le abrió la posibilidad de ser alternativa para el director técnico Cesar Vaccia.
Con posterioridad regresa a Chile para fichar en Union San Felipe, donde fue una de las piezas importantes.
En 2006 recibe una oferta desde el desconocido Kedah FA del ascenso del fútbol de Malasia, donde se convertiría rápidamente en ídolo, logrando el bicampeonato en la Superliga, en la Copa de Malasia y en la FA Cup de Malasia, coronando 6 títulos en sólo 2 años.
Sin embargo, a fines de ese año termina contrato y emigra nuevamente.
Nelson dejó el sudeste asiático y firmó con el club chileno Barnechea para la temporada 2011/12.