Neigem se encontraba en la Edad Media en el terreno limítrofe entre el Condado de Flandes y el Ducado de Brabante.
Los registros más antiguos sobre el lugar se remontan al siglo XII.
En una acta de 1189 se menciona al pueblo como Eighen.
El nombre viene de la palabra germana aigina, o propiedad.
Esto quería decir que estaba libre de feudos.