Su incursión en política se intensificó en la década de 1990, a partir de su cercanía política con los hermanos Rodríguez Saá.
En 1999 fue candidata a Diputada Nacional en segundo lugar por el Partido Justicialista de San Luis.
En 2001, fue elegida como Senadora Nacional, cargo que ocupó hasta diciembre de 2017.
En medio del debate por la legalización del matrimonio entre personas del mismo sexo en Argentina, Negre de Alonso mostró su postura contraria al proyecto, inclinándose, en cambio, por una ley de unión civil que excluía explícitamente la adopción por parte de parejas homosexuales.
Negre de Alonso también fue ampliamente repudiada por grupos favorables a la legalización del matrimonio entre personas del mismo sexo, al declarar que éste daría lugar a un “mercado negro de semen y óvulos”.