El ejemplar holotipo fue descubierto y recolectado por Arjan C. Boere en 2002.
Navajodactylus fue nombrado originalmente por Robert M. Sullivan y Denver W. Fowler en el año de 2011 y la especie tipo es Navajodactylus boerei.
El nombre científico del género honra a la nación Navajo añadido al término griego dactylos, "dedo" que es usual entre los pterosaurios, mientras que el nombre de la especie es un homenaje a Arjan C.
Sus autapomorfias mayormente consisten en un proceso en la primera falange del ala para el tendón extensor.
[1] Navajodactylus fue asignado de forma tentativa a la familia Azhdarchidae, debido a su era geológica aunque este no muestra ninguna de las sinapomorfias del grupo.