También sirvió durante dos años como agente de la Unión en la Guerra Civil Americana.

[5]​ Al comienzo de su carrera profesional Shaler era en términos generales creacionista y anti-darwinista.

Esto era en gran parte una deferencia al brillante pero anticuado Agassiz, cuyo apoyo sirvió a Shaler para ascender en el escalafón de Harvard.

Cuando aseguró su propia posición en la universidad, Shaler fue aceptando en principio el darwinismo, pero visto a través de un prisma neo-lamarckiano.

[8]​ En su artículo de 1884, "El Problema Negro", publicado en la revista The Atlantic Monthly, Shaler afirmaba que las personas negras liberadas de la esclavitud eran "como niños perdidos en un bosque, necesitando la antigua protección de la fuerte mano del amo", que cada vez pasaban a estar más dominados por su "naturaleza animal" cuando crecían de niños a adultos, y que la esclavitud estadounidense había sido "infinitamente el sistema más suave y más decente de esclavitud que nunca existió.