Aunque Sunny Day Real Estate se reunió para dos álbumes más (How It Feels to Be Something On y The Rising Tide), se quedó con los Foo Fighters, en Sunny Day Real Estate, fue reemplazado por Jeff Palmer, y Palmer fue reemplazado por Joey Skyward, cuando Skyward dejó la banda, Jeremy Enigk (vocalista principal, guitarrista rítmico y teclista) pasó al bajo.

Después de que Sunny Day Real Estate se disolviera una vez más, se unió a otros miembros de Sunny Day Real Estate, Jeremy Enigk y William Goldsmith, para formar The Fire Theft, que lanzó un álbum homónimo en 2003.

En la película, Mendel toca en una banda llamada Bleeder, compuesta por él mismo, Jessica Ballard y Taylor Hawkins.

Sin embargo, las sesiones de grabación resultaron ser improductivas y en 2013, el grupo se había separado una vez más.

Algunos bajistas describen el estilo de Mendel en Sunny Day Real Estate como "de mano dura y de pies ágiles, arraigado en el punk rock pero propenso a vuelos melódicos que rodeaban los arreglos aireados de la banda", y Mendel agregó que en sus primeros años con los Foo Fighters probó "hacer estas canciones lo más complicadas que pude y poner tanto bajo como sea posible".

Sin embargo, cantó como respaldo con Chris Shiflett en Monkey Wrench en el Tabernacle en Atlanta, Georgia en 2000 mientras apoyaba a There Is Nothing Left to Lose.

También se le ve haciendo coros en "I'll Stick Around" en el Bizarre Festival en 2000.

A partir del año 2023 se le puede ver realizando coros con mayor regularidad, contando con micrófono propio.

mientras los Foo Fighters aumentaban su número de músicos: "Ahora que tenemos tres guitarristas, hay mucha distorsión, así que trato de mantenerlo limpio y en línea con el bombo.

Usó un bajo Gibson Ripper en el video "Best of You" y en el video "Long Road to Ruin" se lo ve tocando un Red Fender Jazz Bass con un golpeador negro.

También usa un Fender Jazz Bass blanco y rojo perlado en el video "Monkey Wrench".

En enero del 2000, Nate organizó un concierto a beneficio de Alive & Well AIDS Alternatives en Los Ángeles, que tuvo lleno total.