En 1998 grabó Ophelia (Top8 en Billboard 200[2]​) que recibió disco de oro en Estados Unidos y al año siguiente Live in Concert, trabajo que incluyó una selección de sus canciones más importantes y covers de David Bowie «Space Oddity» y Neil Young «After the Gold Rush».

En 2003 grabó un álbum independiente de música folk llamado The House Carpenter's Daughter.

Fruto de esa relación, tuvieron una hija que se llama Lucía.

En 2010 apareció el disco doble Leave Your Sleep y en 2014 el álbum Natalie Merchant su regreso a las canciones inéditas.

En el 2015 lanzó una versión acústica de su álbum debut bajo el título Paradise Is There: The New Tigerlily Recordings y el 2017 apareció The Natalie Merchant Collection box que reúne todo su repertorio solista.