La cueva fue descubierta por Bernabé Pop en 1979, un cazador guatemalteco que encontró la entrada siguiendo a sus perros de caza (Stone 1995: 100).
Estas manifestaciones se agrupan en tres tipos: petroglifos, dibujos y huellas.
El Balcón es la construcción más grande que hasta ahora se haya reportado en una cueva Maya.
El Balcón acoge dos motivos rupestres mientras que los túneles, a los cuales se accede por el último nivel del Balcón, acogen la mayoría de las manifestaciones rupestres.
En Naj Tunich se han registrados 94 motivos, los cuales incluyen pinturas, grabados y huellas de manos.
Algunos temas son original para el arte maya, se ha propuesto que dos dibujos representan un ritual de auto sacrificio que consiste en derramar sangre de su pene (Stone 1991:196).
El acceso al segundo altar es muy difícil; se hace por medio de un pozo profundo de 15 a 20 m, que da acceso a varias cámaras.
Los últimos estudios llevados a cabo en Naj Tunich tienen por fin la conservación del sitio.
Laporte, S. Villagrán, H. Escobedo, D. de González y J. Valdés), pp.
1993 Exploración de la rama nueva en Naj Tunich: Implicaciones para su interpretación.
2000 Multispectral Analysis of Ancient Maya Pigments: Implications for the Naj Tunich Corpus.
En: XXIV Simposio de Investigaciones Arqueológicas en Guatemala 2010 (editado por J. P. Laporte, B.
1991 Las pinturas y petroglifos de Naj Tunich, Petén: Investigaciones recientes.
Laporte, S. Villagrán, H. Escobedo, D. de González y J. Valdés), pp.
En X XVI Simposio de Investigaciones Arqueológicas en Guatemala, 2002 (editado por J.P.
2000 Handbook of Rock Art Research, AltaMira Press, Walnut Creek, California.