Se encuentra en un anexo de estilo neomanuelino, que se empezó a construir en 1850, ubicado en el ala oeste del Monasterio de los Jerónimos de Belém[1] y otra ala más reciente enfrente del museo, llamada Pabellón de los galeones (Pavilhão das Galeotas).El museo se divide en 13 salas más el pabellón[2] con un área de 50.Aunque un incendio en 1916 quemó un parte de la colección, siguió en funcionamiento como parte de la escuela bajo diferentes nombres hasta que se escindió definitivamente en 1936.Sin embargo, esta ubicación era provisional, hasta que sendas comisiones en 1954 y 1956 decidieran el traslado definitivo al monasterio.[4] Las colecciones muestran una amplia variedad de contenidos que abarcan diversos aspectos de la historia marítima de Portugal, no solo en el ámbito militar, sino también en el pesquero, comercial y la navegación recreativa.
