Se denomina Museo Universitario a todo aquel museo, colección o galería universitaria (incluyendo herbarios y jardines botánicos), cuya titularidad pertenece a una Universidad.
De facto, las colecciones y los museos universitarios son casi tan antiguos como las propias Universidades, dado que desde un inicio estas instituciones recopilaron y acumularon, de manera más o menos organizada, instrumentos y objetos con un claro valor histórico, artístico o científico: como aquellos que eran o habían sido empleados con fines docentes (en especial, el material librario) o que habían sido generados por la propia actividad educativa; emblemas de las instituciones universitarias (blasones, escudos, etc.); documentos, cuidadosamente guardados, en virtud de los cuales les habían sido otorgados privilegios (como bulas y documentos fundacionales); o tallas, pinturas y otros objetos artísticos que decoraban las capillas universitarias y los colegios mayores.
Sin embargo, como institución claramente definida, su creación no tiene lugar hasta el siglo XVII, estando muy vinculado su nacimiento a la práctica de los legados.
Así, se considera que el primer museo universitario es el Museo Ashmolean (Ashmolean Museum of Art and Archaeology), creado para albergar la colección donada por Elias Ashmole a la Universidad de Oxford en 1677.
El primer edificio del Ashmolean Museum en Oxford se construyó entre 1678 y 1683, siendo inaugurado este último año; por ello se considera que los museos universitarios nacen en 1683, con la apertura del Ashmolean.