Está situado en el nº 2 de la Plazuela del Santísimo Cristo de la Sangre (antigua calle Gaona), en el barrio de San Felipe Neri, frente a la iglesia que da nombre al barrio.
El museo se aloja en un inmueble del siglo XVIII conocido como Posada de San Felipe Neri que, tras su restauración, cuenta con unos 900 m² de superficie expositiva.
El edificio se articula en torno a un patio central que da acceso a tres salas de exposición, donde se puede contemplar la colección de vidrieras, y a la escalera principal que accede a la planta superior, donde se distribuyen las salas, organizadas cronológicamente, desde el siglo VI a. C. hasta nuestros días, y haciendo un recorrido por la producción de cristal de todas las épocas.
Se pueden encontrar piezas de vidrio fenicio, romano y medieval, pasando por cristales bizantinos y persas de los siglos XI y XII, además de los siglos XVI-XVII con piezas de cristal veneciano y catalán, hasta la actualidad.
[2] Actualmente se está llevando a cabo una ampliación del museo en un solar anexo, en el que se han encontrado unos hornos alfareros del siglo XVII que también se pondrán en valor.