Con su inauguración el 1 de julio de 2003, el museo ha sido dedicado al período entre 1940 y 1991 en la historia de Estonia,[1]​ cuando el país fue ocupado por la Unión Soviética, luego por la Alemania Nazi, y final y nuevamente por la Unión Soviética.

[2]​ Durante la mayor parte del tiempo indicado Estonia sería conocida como la República Socialista Soviética de Estonia.

El museo es administrado por la Fundación Estonia Kistler-Ritso, la cual debe su nombre a la Dra.

Olga Kistler-Ritso, fundadora y presidenta de la fundación.

Como un inicio, los miembros de la fundación comenzaron en 1999 a recolectar artículos para el museo y su estudio histórico.