Por aquel entonces se trataba de un museo municipal ubicado en la Plaza de los Fueros (frente al Ayuntamiento), en un edificio diseñado —tras la reconstrucción de la ciudad— por el arquitecto bilbaíno Manuel María Smith que había albergado hasta 1997 los juzgados, Correos y telégrafos.

Entre los años 1999 y 2002, el museo realiza, gracias a las ayudas recibidas del Ministerio de Cultura (sección de Bellas Artes y Bienes Culturales) entre otros organismos (en distintos periodos), unas obras de adecuación del edificio y, tras la realización de un proyecto museográfico y ejecución del mismo, se decide que se convierta en un museo de la paz (el primero del País Vasco y de toda España).

Tras varios años de investigación y recopilación de interesantes materiales, abre sus puertas, en el año 2003, a todo el público investigador e interesado en conocer más profundamente lo acontecido tanto el día del bombardeo de Guernica como durante la Guerra Civil Española y el exilio.

Caben destacar el fondo Southworth, el bombardeo de Guernica, la Guerra Civil Española y el franquismo por su valor histórico.

Objetivo a conseguir tanto mediante la consulta de los fondos del centro como impulsando proyectos, trabajos de investigación y actividades (symposiums, congresos ...) que posibiliten ofrecer una verdadera historiografía de unos acontecimientos tan relevantes.