En los primeros años de su existencia, fue complicado encontrar una sede que satisficiera las necesidades del museo, así que entre su fundación y 1963 el museo pasó por diferentes edificios.
El museo se abrió al público por primera vez en 1971 para una exposición temática.
[1] Este museo consta de varios departamentos: arqueología, etnología, historia y arte.
Entre ellos se encuentran los yacimientos neolíticos de Slatina, en Zelenikovo y Cerje, en Govrlevo.
Entre las necrópolis estudiadas figuran dos necrópolis de la ciudad de Skopie, y otras en Ograda (Oresani), Krusha (Sredno Nerezi), Przhali (Varvara), Ushi (Pintija), Kochkova Naselba y Rimska Banja.