El museo también tiene una sección dedicada a la arqueología subacuática, incluido el naufragio de Mahdía.

De las obras encontradas muy pocas se exhiben en el Museo de Mahdía,[1]​ la mayoría fueron trasladadas y están expuestas en el Museo Nacional del Bardo.

Junto al museo, saliendo a un pequeño patio, se puede subir a la torre que hay encima de la puerta de SkifaF Kahla.

Este patio no es accesible al público en general.

Desde la parte superior se domina una vista espléndida sobre la ciudad y el puerto.