La sede original del museo es un edificio de finales del siglo XIV que inicialmente tuvo una función de imaret.

Se construyó en honor de la madre del sultán Murad I, Nilüfer Hatun.

Se trata de un edificio en el que destacan el pórtico, las cúpulas, la linterna y los ricos colores de las piedras y ladrillos, que le hacen ser considerado como un bello ejemplo de arquitectura otomana.

El nuevo edificio es el que alberga las piezas arqueológicas mientras el antiguo expone las obras de arte turco-islámicas.

[2]​ Este museo contiene una colección de objetos arqueológicos de Iznik y sus alrededores que pertenecen a periodos que abarcan desde la prehistoria hasta el periodo otomano.