La sala principal, con galería acristalada, fue construida sobre una estructura arquitectónica metálica del tipo Baltard.

Las colecciones de historia natural fueron instaladas en 1911.

Finalmente, en 1992, el museo recibió las colecciones del antiguo museo etnográfico Moillet creado en 1851 tras la donación de más de mil objetos que pertenecieron a Alphonse Moillet (1812-1850).

Presentadas en el Palais des Beaux-Arts hasta la Primera Guerra Mundial , estas colecciones se habían conservado en cajas y fueron recuperadas en 1990 con motivo de la renovación del Palacio.

En particular, un estudio de viabilidad se ha puesto en marcha recientemente, para examinar la posibilidad de instalar parte de la colección en el vecino Colegio Jean Macé, cuyos locales están desocupados desde 2008[1]​ El museo reagrupa cuatro grandes colecciones: