Se empezó el estudio del material de fósiles y vertebrados actuales colectados por el profesor austriaco Franz Spillmann.
El primer director fue R. Hoffstetter, quien estuvo al frente del Instituto desde 1946 hasta 1952, período en el cual incrementó la colección paleontológica y realizó numerosas investigaciones cuyos resultados dio a conocer en sus publicaciones relacionadas con los mamíferos del Pleistoceno del Ecuador.
El Profesor Gustavo Orcés Villagómez (1911-1999), asume la dirección en 1952 hasta 1990.
Efectuó valiosas contribuciones a los diferentes grupos de vertebrados del Ecuador, mediante artículos científicos publicados en revistas extranjeras y en la Revista Politécnica.
Mantiene además una notable producción científica en la Revista Politécnica Serie Biología.