Sus colecciones fueron adquiridas, en su mayoría, por Rafael García y Álvarez a finales del siglo XIX.

Esto quedó reflejado en 1886 en un Catálogo manuscrito precedido de una memoria por el propio Rafael García y Álvarez.

En el primer tercio del siglo XX, José Taboada Tundidor aporta las colecciones de esteroscopía de Anatomía Humana y así como microtomos, microscopios, brújulas etc.

Las colecciones del actual Museo se conservaban en lo que entonces fue un Gabinete científico.

Las colecciones que el Museo exhibe se reparten a lo largo de cuatro salas y un pasillo.