El proyecto corrió a cargo del arquitecto José María Ortiz y Sánchez.

Lo que en principio iba a ser una simple cárcel, acabó convirtiéndose en un Palacio de Justicia con juzgados, prisiones y un pequeño albergue para los guardianes, cuya construcción terminó en 1880.

Es un centro con una programación multidisciplinar abierta a todos los soportes artísticos actuales, orientado al conocimiento del arte y de la cultura.

El 13 de noviembre de 2007 el MARCO celebró su quinto aniversario con Tempo ao tempo, exposición conmemorativa sobre el paso del tiempo que, por primera vez, ocupó los dos andares y el espacio anexo del museo.

La muestra fue considerada por la revista El Cultural como una de las diez mejores exposiciones hechas en España durante 2007.