Desde 2009 forma parte del complejo museístico BiBat junto con el Museo Fournier de Naipes.

[4]​[5]​[6]​[7]​ Finalmente, en 1975 se funda el Museo de Arqueología, cuyos fondos permanecen en la Casa Gobeo-Guevara.

[10]​[11]​ Una vez finalizada la nueva sede, el complejo formado por ambos museos, Naipes y Arqueología, recibe el nombre de BiBat (del euskera: bi, dos y bat, uno): dos museos, dos colecciones, un patrimonio.

Las colecciones permanentes del Museo se exponen en las tres plantas superiores, organizadas cronológicamente a modo de estratos arqueológicos, y muestran unas 1500 piezas que comprenden desde la Prehistoria hasta la Edad Media.

Debido a ello, además de los materiales expuestos custodia y conserva en sus almacenes cerca de 10.000 cajas con objetos encontrados en las diversas excavaciones y prospecciones que se llevan a cabo en la provincia.