Atrapado por la Segunda Guerra Mundial y por ser de judío, escapó a los Países Bajos; terminada la guerra regresó a Israel y su colección fue donada a un museo que fue creado con el apoyo del alcalde de la ciudad de Haifa, Abba Hushi.

[2]​ Durante varios años se hicieron viajes alrededor del mundo para apoyar la creación del museo, el primer director de la institución fue Chisaburoh Yamada; entre los años 1966 y 1992 el museo fue dirigido por Eli Lancman, quien recibió un premio del Gobierno de Japón en el año 2001.

[3]​ Tras varias reuniones y grupos culturales apoyando la idea, se permitió comprar un espacio para la construcción del museo en mayo de 1958; el museo fue diseñado por Frederick Kisch, quien era el dueño de la llamada "Casa Kisch" y forma parte de las oficinas generales del museo, varios talleres y una habitación de estilo japonés.

[6]​ En las exhibiciones se muestran las costumbres japonesas en su forma de vida, ropa, moda, comida y religión.

[7]​ Desde el año 1995 se han sumado 100 exhibiciones curadas por Ilana Singer Blaine,[8]​ quien ganó el premio del Ministerio de Ciencia y Cultura de Israel en 2007 y recibió por parte del gobierno japonés el Premio del Ministerio de Asuntos Extranjeros.