El museo era el sueño de Mihoko Koyama (que da nombre al museo), fundadora de la organización religiosa Shinji Shumeikai,[1] que tiene en la actualidad unos trescientos mil miembros en todo el mundo.
[2] Además, en los años noventa Koyama encargó que el museo se construyera cerca del templo Shumei en las montañas Shiga.
El Museo Miho alberga la colección privada de antigüedades asiáticas y occidentales de Mihoko Koyama, adquirida en el mercado mundial por la organización Shumei en los años previos a la inauguración del museo en 1997.
El diseño de I. M. Pei está realizado en un paisaje montañoso y boscoso.
Pei continuó haciendo cambios al diseño de las galerías durante la construcción dado que se comparon nuevas piezas para la colección.