Contiene colecciones de mineralogía, paleontología e historia minera.
Además, en diversas zonas del edificio se encuentran maquetas antiguas que forman parte también de las colecciones de la Escuela.
Las instalaciones del Museo, construidas y amuebladas en el siglo XIX, se mantienen prácticamente intactas, con solamente algunos cambios para mejorar la seguridad.
Dado que estos ejemplares resultaban claramente insuficientes para la enseñanza de esta ciencia, entonces en franco desarrollo, la Escuela puso en práctica una política de adquisiciones, mediante compras y donaciones.
Se considera que, entre los museos españoles, es el que tiene mayor número de ejemplares de primera calidad.