[1]​ La mayoría de sus fondos proceden del legado realizado por el ilustre profesor, académico, crítico y coleccionista zaragozano José Camón Aznar.

El museo fue inaugurado en 1979 por la viuda del erudito aragonés, María Luisa Álvarez Pinillos y está ubicado en el palacio renacentista de los Pardo dentro del centro histórico de Zaragoza.

Aun así, se ha suscitado cierta polémica con el cambio de denominación del museo.

Tras pasar por diversas manos, en 1976 fue comprado por Ibercaja para reformarlo y destinarlo a su Obra Social.

El proyecto arquitectónico configuró el museo como un discurso cronológico en torno a la figura del pintor aragonés.

Los elementos de valor histórico del palacio, como el pórtico de fachada, las columnas del patio o el salón dorado, fueron restaurados a la vez que se ha instalado un nuevo lucernario central.