Su fundación se debe al estudioso, Dr. Andrés Barbero, quien bajo la presidencia de la Sociedad Científica del Paraguay, hizo la invitación a fundar el museo.
A él se debe el primer estudio sistemático sobre los hallazgos prehistóricos en Paraguay y varios viajes de estudio a diferentes tribus indígenas del Chaco.
En 1956, se inauguró la actual sede del museo, dando inicio una nueva época con exposición permanente de colecciones, una organizada biblioteca especializada y documentación sistematizada.
En el museo se conservan colecciones arqueológicas y etnográficas más importantes del país.
Entre otros artículos, se encuentran piezas musicales, armas, vasijas funerarias, herramientas, así como célebres altares en forma de canoa, construidos por los indígenas.