Inicialmente el museo albergó una exposición temporal de treinta y cinco iconos, pero a partir de 2010 se inició un proyecto de remodelación de la exposición del museo para ampliarla y mejorar su enfoque interpretativo que concluyó en 2013.

[1]​ El museo contiene una colección de objetos bizantinos y posbizantinos procedentes principalmente del área de Kastoriá, que fue una ciudad importante en ambos periodos.

Entre ellos se encuentran iconos, iconostasios, frescos, miniaturas, monedas y joyas, pero el eje de la exposición y su tema principal es el de los iconos.

La exposición permanente se distribuye en tres salas que están en torno a un patio central.

Está organizada en varias secciones que se centran en la Kastoriá bizantina, la Kastoriá posbizantina y los talleres artísticos posbizantinos.