[1]​ Además de espacios para exposición hay en el museo almacenes, laboratorio y una biblioteca arqueológica, aparte de otros servicios.

Destacan los pertenecientes a la civilización minoica, en particular los procedentes del palacio de Zakros, entre los que se hallan grandes recipientes de cerámica, muchos de ellos decorados, e inscripciones en lineal A.

Otra subsección la componen una serie de lárnax con decoraciones marinas.

Otra sección del museo alberga los ajuares funerarios y ofrendas votivas procedentes de tumbas y del santuario de Sitía, de los periodos geométrico y arcaico.

Por otra parte se exponen objetos de los periodos helenístico y romano de diversos asentamientos de la zona, como Xerókampos, Kufonisi y Makrí Gialós que incluyen gran variedad de cerámica, figurillas, monedas, objetos metálicos, herramientas y algunas estatuas.