Su origen fue una colección arqueológica recogida en la segunda mitad del siglo XIX en Rétino a través de compras y donaciones por una asociación educativa, que estaba compuesta por cerámica, esculturas y monedas, principalmente de los periodos clásico y helenístico pero sin indicaciones de su origen.
Hasta la Segunda Guerra Mundial esta colección estaba albergada en un edificio del casco histórico de Rétino hasta que en 1954 se inauguró el museo arqueológico en el edificio de la logia veneciana y posteriormente, en 1990, fue trasladado a un edificio pentagonal que está enfrente de la antigua fortaleza.
Debido a problemas estructurales de este último edificio, desde 2016 la colección del museo arqueológico se expone temporalmente en la iglesia veneciana de San Francisco hasta que se construya un nuevo edificio para el museo, el edificio donde actualmente reside fue construido por la familia Barozzi alrededor de 1530.
Los hallazgos más antiguos que se conservan en el museo son herramientas del paleolítico.
Desde una fase muy temprana (2600 a. C.) estuvo habitado un asentamiento cerca de Jamalevri.