En la planta baja se exponen los hallazgos de periodos comprendidos entre la prehistoria y la Antigüedad tardía, como inscripciones, jarras de cerámica, joyas, monedas y esculturas.

Este módulo, a su vez, se divide en varias subsecciones: el arte rupestre en Crénides; los hallazgos prehistóricos del yacimiento de Dikilí Tas; los tracios y la colonia tasia de Crénides; la ciudad helenística de Filipos y Filipos como colonia romana.

Entre los objetos se halla la reproducción de una tumba macedónica descubierta en la ciudad, con su ajuar funerario.

Por otra parte, la planta superior alberga piezas pertenecientes a la ciudad cristiana desde la época de los primitivos cristianos, pasando por un declive a causa de terremotos e invasiones eslavas en el siglo VII, hasta la conquista otomana acaecida a finales del siglo XIV.

Entre estos se encuentran inscripciones, mosaicos, elementos arquitectónicos, piezas de cerámica y monedas.