Este museo fue fundado por iniciativa del arqueólogo Nikolaos Zafiropoulos durante la década de 1970.
El edificio donde se ubica consta de dos pisos.
La segunda planta contiene los hallazgos pertenecientes a la prehistoria, de una horquilla temporal comprendida entre el 3000 y el 1100 a. C. mientras la primera alberga materiales de los periodos históricos comprendidos entre los siglos VII a. C. al II d. C. La planta baja consta de diversas áreas de servicios para los visitantes.
De la Edad del Bronce temprano, procedentes de Agia Irini, se hallan estatuillas cicládicas, herramientas y vasijas.
También proceden de Agia Irini los objetos de la Edad del Bronce media y tardía, que consisten en variados objetos relacionados con la vida cotidiana, las actividades productivas o comerciales, las prácticas funerarias y la vida religiosa.