[1]​ El museo cuenta con ocho salas de exposiciones y un patio central.

Contiene una colección de objetos pertenecientes a periodos comprendidos entre la prehistoria y la Antigüedad tardía.

Entre las colecciones figuran los hallazgos de la necrópolis de Agia Fotiá, que es la más grande de Creta durante la prehistoria, los procedentes del yacimiento arqueológico de Malia y los del asentamiento del periodo minoico antiguo de Furnu Korifí.

[2]​ También se conservan los restos de diferentes santuarios minoicos de montaña de la región: Kalamaki, Petsofás, Modi, Traóstalos, Priniás y Etianí Kefala, que datan del periodo minoico medio y consisten principalmente en figurillas votivas con formas de persona o de animal.

[3]​ Uno de los objetos más famosos del museo es un recipiente conocido como la «Diosa de Mirtos», que fue hallado en Furnú Korifí.