Muscoy se encuentra ubicado en las coordenadas 34°9′22″N 117°20′48″O / 34.15611, -117.34667.

Según la Oficina del Censo, la ciudad tiene un área total de 9 km² (3,5 mi²), de la cual 7,6 km² (2,9 mi²) es tierra y 1,4 km² (0,5 mi²) 0% es agua.

Según datos de la Oficina del Censo en 2000 los ingresos medios por hogar en la localidad eran de $25,635, y los ingresos medios por familia eran $24,871.

Los hombres tenían unos ingresos medios de $25,474 frente a los $20,462 para las mujeres.

La renta per cápita para la localidad era de $8,130.