Ha sido portado a otros sistemas operativos utilizando la biblioteca SDL, incluyendo Microsoft Windows, BeOS, Mac OS X, y FreeBSD.Mupen64 conoció la popularidad después de que el sitio web Goldeneye Forever utilizó su funcionalidad en línea para iniciar torneos.Originalmente anunciado como un emulador multiplataforma escrito usando SDL, con un recompilador dinámico y un port para Microsoft Windows.Mupen64 se mejoró con el tiempo, adquiriendo características como grabación, sincronización de sonido, y una interfaz gráfica GTK 2.A causa de que el recompilador dinámico ha sido especializado para un determinado tipo de procesador, a veces puede ser necesario utilizar el intérprete cuando la CPU que se está utilizando no es compatible con el recompilador dinámico.Además, los ports de Mac OS X y Windows han sido publicados, pero aún se encuentran en desarrollo.
