La palabra Yajalón significa en la lengua tseltal, "Tierra verde".

[5]​ Con una superficie territorial de 209.3 km² ocupa el 0.3% del territorio estatal.

Los tipos de suelos presentes en el municipio son: Luvisol (45.77%), Phaeozem (42.13%), Leptosol (5.93%), Vertisol (5.73%), y N/A (0.44%).

El municipio se ubica en la región fisiográfica Montañas del Norte.

Este municipio no cuenta con áreas naturales protegidas o bajo conservación.