El municipio de Waterloo (en inglés: Waterloo Township) es un municipio ubicado en el condado de Lyon en el estado estadounidense de Kansas.

En el año 2010 tenía una población de 284 habitantes y una densidad poblacional de 1,84 personas por km².

[2]​ El municipio de Waterloo se encuentra ubicado en las coordenadas 38°41′18″N 96°0′30″O / 38.68833, -96.00833.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, el municipio tiene una superficie total de 154.53 km², de la cual 153,25 km² corresponden a tierra firme y (0,83 %) 1,28 km² es agua.

Del total de la población el 2,11 % eran hispanos o latinos de cualquier raza.